Respostas:
Confira HTTrack para uma opção de interface gráfica. Se você não se importa em usar a linha de comando, wget pode aceitar um arquivo de texto como entrada (com o -i switch) contendo uma lista de URLs para download.
No Unix ou no cygwin, você pode usar o wget para obter o conteúdo de uma url. Eu acredito em algo tão simples quanto cat list_of_urls.txt | wget provavelmente faria o que você precisa.