Ambos. O CMOS armazena informações de configuração do BIOS. Quando você "entra na instalação", está executando o programa de configuração do BIOS, que carrega as configurações definidas no CMOS. Você está "configurando" o CMOS, fornecendo informações de configuração que o BIOS usará durante a execução.
O BIOS é um programa escrito como Firmware em uma ROM, portanto não pode ser gravado (exceto por uma operação flash tudo ou nada, que é perigosa, portanto não é uma operação diária). A ROM do BIOS armazena suas informações de configuração no CMOS quando você pressiona F10. É por isso que limpar o CMOS restaura as configurações do BIOS para o padrão e é por isso que não exclui o BIOS, deixando-o com um peso de papel caro.
Por exemplo, o BIOS possui uma sub-rotina que carregará o sistema operacional pela ordem de inicialização. as informações de ordem de inicialização, no entanto, (por exemplo, use o primeiro CD-ROM como primeiro dispositivo) são armazenadas no CMOS. Se você limpar o CMOS, o BIOS usará um padrão, geralmente o primeiro disco no primeiro controlador de disco preenchido.