As considerações de desempenho são marginais, na melhor das hipóteses, em uma unidade muito rápida. Eu faço isso há anos e não percebi que o desempenho sofre ou melhora de qualquer maneira. Não comparo, é uma perda de tempo quando sei que comprei hardware de alto desempenho para começar.
Agora, fazer isso no mesmo disco rígido, mas com partições separadas, não terá o desempenho tão alto quanto os discos separados. Mas, novamente, o desempenho não é a principal razão pela qual você deseja fazer isso.
O principal motivo é separar seus dados do sistema operacional e dos programas. É por isso que muitos sistemas Unix possuem / home como um sistema de arquivos separado. As atualizações do sistema operacional não interferem nos seus dados. Criei meus sistemas onde "Arquivos de Programas" estava em uma partição separada do mesmo disco em que o SO estava, e meus dados residiam em um disco separado. Isso facilitou a reinstalação do sistema operacional, mas essa prática foi descontinuada nos sistemas operacionais Windows mais recentes. Eu não instalo muitos programas ruins, para que meu sistema operacional não fique sujo, então não preciso reinstalar a cada 6 meses a um ano :-).
Hoje em dia, com ethernet de alta velocidade gigabit e um porão disponível para sistemas de servidor ruidosos, mantenho meus dados em um sistema físico separado . A maioria dos dados que estou acessando são mídias para reprodução no meu HTPC, e o gigabit é perfeitamente aceitável para streaming.