Eu estou tendo o mesmo problema também. Atualmente, estou executando 4 monitores, ambos no hardware da nvidia, com dois no FX 5500 mais antigo e os outros dois no meu 9400 GT mais recente. Demorou um pouco para fazer as diferentes gerações de pilotos jogarem bem juntos.
Eu acho que o Windows está tendo problemas para combinar as imagens dos buffers de quadros em diferentes locais físicos da RAM (metade em um cartão, metade no outro).
Esse é o meu palpite de qualquer maneira.
Os sintomas são os mesmos: alt-printscreen funciona como um campeão, mas a tela inteira da área de trabalho parece que nem captura uma foto. O Photoshop geralmente está ciente do tamanho da imagem na área de transferência e ctrl-n criará um novo documento com essas dimensões. O tamanho da minha área de trabalho é 5120x1024, mas o novo documento é criado em 900x1585 (provavelmente do tamanho do que eu colei por último).
Eu deveria ter muita RAM. Tentei reduzir a aceleração de hardware nos quatro monitores para o nível mínimo, e ainda nada acontece. Eu desliguei a combinação de gravação, e isso pode fazer alguma coisa (apenas uma facada no escuro), mas não vou saber até depois da reinicialização.
Por enquanto, o Gadwin Printscreen (download gratuito) fez o truque, mas apenas capturou minha tela principal.