O Windows tem um servidor FTP embutido no IIS.
Veja meu guia em Instalando o servidor FTP seguro no Windows usando o IIS .
Mostra como configurar apenas um único servidor. Para configurar vários servidores, repita o Adicionando site FTP autônomo seção para cada site que você precisa. Adicionalmente no Ligações configurações atribuem uma porta diferente para cada site.
O servidor FTP do FileZilla pode executar apenas um único servidor FTP. Mas você pode instalá-lo várias vezes em pastas diferentes. E configure cada instância para usar uma porta diferente.
Porém, se você precisar disso apenas para testes, você realmente precisa de servidores FTP separados? Que tal ter um único servidor FTP escutando em múltiplas portas, possivelmente com múltiplas contas? O aplicativo, você está testando, não poderia dizer a diferença.
O IIS e o servidor FileZilla podem escutar em várias portas.
- No IIS, você pode adicionar várias "ligações" a um único site FTP.
- No servidor FileZilla, você pode especificar uma lista de portas em sua configuração "Escutar essas portas".