Resposta curta: cache de gravação
TL; DR: Primeiro, há muito menos sobrecarga ao copiar um único arquivo grande, em comparação com muitos menores. Isso significa que o PC e o NAS não estão "perdendo" muito tempo procurando arquivos, atualizando a tabela de arquivos e os metadados do sistema de arquivos. Isso também significa um rendimento muito maior, que provavelmente revelará alguns dos gargalos de largura de banda na configuração.
Os picos e vales no gráfico da largura de banda parecem ocorrer em intervalos razoavelmente regulares e, considerando que você está copiando um único arquivo grande (largura de banda máxima, sobrecarga mínima), eu diria que está vendo o efeito do buffer / cache .
Parece-me que você provavelmente está enviando dados para o NAS a uma taxa mais rápida do que é capaz de gravá-los em disco. Graças à gravação de cache / buffers, ainda é possível recebê-lo em uma taxa mais rápida (os picos do gráfico), mas você não pode continuar recebendo dados sem enviá-los para o disco.
Eventualmente, o buffer ficará cheio e precisará ser gravado no disco. Enquanto isso, o NAS não pode receber dados tão rápido quanto antes, pois não tem onde armazená-los (o buffer está cheio e os discos são mais lentos). É aqui que você obtém os vales do gráfico.
Parece que o Windows está suavizando o gráfico de taxa de transferência. Com gráficos mais precisos (por exemplo, do Monitor de desempenho), você pode realmente estimar o tamanho do buffer de gravação, analisando os intervalos e os bytes transferidos.
A razão pela qual os picos e vales não ocorre em intervalos perfeitamente uniformes é provavelmente porque o PC, o NAS ou ambos estão fazendo "outra coisa" enquanto você copia o arquivo.