Se você precisar atrasar o vídeo em 3,84 segundos, use um comando como este:
ffmpeg.exe -i "movie.mp4" -itsoffset 3.84 -i "movie.mp4" -map 1:v -map 0:a -c copy "movie-video-delayed.mp4"
Se você precisar atrasar o áudio em 3,84 segundos, use um comando como este:
ffmpeg.exe -i "movie.mp4" -itsoffset 3.84 -i "movie.mp4" -map 0:v -map 1:a -c copy "movie-audio-delayed.mp4"
Certifique-se de que sua compilação ffmpeg não seja muito antiga, mais recente que 2012 será suficiente.
Explicação
-itsoffset 3.84 -i "movie.mp4"
Desloca os carimbos de data e hora de todos os fluxos em 3,84 segundos no arquivo de entrada que segue a opção (movie.mp4).
-map 1:v -map 0:a
Obtém fluxo de vídeo da segunda entrada (atrasada) e fluxo de áudio da primeira entrada - é claro que ambas as entradas podem ser o mesmo arquivo.
Uma explicação mais detalhada pode ser encontrada aqui:
http://alien.slackbook.org/blog/fixing-audio-sync-with-ffmpeg/