Estou tendo um problema semelhante.
Eu tenho dois computadores em casa e instalados em ambos o Ubuntu 10.04 . Mas em um (laptop), acabei de atualizar o Update Manager a partir da 9.10, enquanto no outro (desktop) fiz uma reinstalação completa com um CD (e esqueci de fazer backup dos dados do Evolution) .
Bem, os resultados foram diferentes em ambos, em relação à Evolution. No laptop, ainda consigo ver e baixar emails do Exchange Server do meu trabalho. Enquanto estiver na área de trabalho, o Evolution parece se conectar e ver o servidor, mas nada é baixado. Até removi a conta algumas vezes, para ver se a havia configurado incorretamente.
Meu próximo passo é fazer backup dos dados e da configuração do Evolution no laptop e copiá-los para a área de trabalho. Vou deixar você saber o resultado.
Felizmente, essa informação pode ajudá-lo.
Atualização (26/5/2010)
Apenas tentei e funcionou! Fiz backup da minha conta do Exchange no meu laptop e a restaurei no meu programa Evolution da área de trabalho. Então eu apertei "Enviar / Receber" e novos e-mails foram baixados.