Não.
Como você declarou:
This visa is good for a single journey to Malaysia within 3 months from date hereof, provided this passport remains valid.
Vistos da Malásia são emitidos por 90 dias, e você pode estar no país durante esse período. Quando os 90 dias terminarem, você deve ter saído. Mais tarde e você é considerado para ter ultrapassado.
Então, se você chegar no último dia do seu visto, você pode entrar, mas eles provavelmente vão perguntar quando você estiver saindo, pois eles notarão que é seu último dia de permissão para estar na Malásia. Vão ver que você está planejando ultrapassar o limite e depois se deparará com problemas.
Neste ponto, você precisará alterar os planos de viagem ou solicitar um novo visto.