Sim você irá.
Mesmo quando você sai para uma viagem de algumas horas e retorna para a mesma porta de onde saiu, você pode ser solicitado a passar pelas verificações completas.
Quando estiver longe o tempo suficiente para ter estado em águas internacionais, é quase certo que você precisa se reportar aos serviços de fronteira no porto, ou pelo menos ligar para o escritório mais próximo se não houver em seu porto de origem.
Para uma viagem de mais de alguns dias, você certamente precisará se reportar à fronteira ou aos serviços portuários.
Assim como para qualquer voo fora de seu país de origem, no seu retorno você precisará passar pela imigração e alfândega, mesmo quando você acabou de se transferir para o exterior para retornar ao seu país de origem.
Eles podem ver você vindo do exterior, eles não podem ter certeza do que você fez quando eles não o viram.
Meses no mar faz é quase certo que você terá interagido com outras pessoas, pessoas de segurança de fronteira assumirá que você tenha ou não.