O que você ouviu é completamente falso. Os países emitem passaportes para seus cidadãos no exterior o tempo todo, e esses cidadãos os usam para retornar ao país de emissão. Se o que você ouviu fosse verdade, seria impossível para os países emitir passaportes em seus consulados no exterior ou enviá-los para seus cidadãos no exterior. Não faria sentido.
Além disso, os países da UE (ainda incluindo o Reino Unido até o momento da redação deste documento) não carimbam passaportes de seus próprios cidadãos, portanto, não haverá indicação no passaporte de que seu filho ainda não tenha visitado o Reino Unido.
Além disso, o Reino Unido não examina nem carimba diretamente os passaportes de ninguém na saída; eles eliminaram controles sistemáticos de saída há vários anos como uma medida de economia de custos. A única maneira de saberem que o passaporte não foi usado para deixar o Reino Unido é que primeiro foi enviado para a África do Sul e, em segundo lugar, não há registro de seu uso em seus sistemas de computadores.
Além disso, a maioria dos países, incluindo o Reino Unido, considera seus próprios cidadãos inelegíveis para receber vistos. Portanto, não há como você conseguir um visto para o seu filho. Em vez disso, use o passaporte.
Se o passaporte já foi usado não é importante. Os oficiais de imigração do Reino Unido não examinam rotineiramente carimbos de passaporte ou registros de viagem das pessoas que estão admitindo no país. Os oficiais de imigração do Reino Unido devem admitir qualquer pessoa que eles acreditem ser um cidadão britânico, independentemente da documentação usada para provar a cidadania britânica, porque os cidadãos britânicos têm o direito legal absoluto de entrar no país. Os oficiais de imigração do Reino Unido veem dois cidadãos todos os dias e, se houver alguma dúvida sobre o status do seu filho na África do Sul, o ponto de partida dele, você pode mostrar o passaporte sul-africano.