O UTC é normalmente usado para coordenar planos de voo, controle de tráfego aéreo e assim por diante, exatamente por esse motivo. UTC é hora 'padrão' no sentido de que todos os outros fusos horários, incluindo os horários de verão, são ajustados contra ele.
Obviamente, o UTC normalmente não é usado no dia-a-dia pelo público; portanto, os horários, etc., ainda serão mostrados no local (horário de verão). Nos seus exemplos, a única maneira inequívoca de expressar 2,29 quando ocorrer 'duas vezes' seria anexar o identificador de fuso horário (por exemplo, o Reino Unido usa GMT ou BST , dependendo da época do ano). Não é um problema com muita frequência!
Já voei dos EUA para a Europa antes durante uma semana incompatível (os EUA se afastam do horário de verão uma semana antes da Europa). Não foi um problema; os horários locais foram ajustados de acordo com os bilhetes, o site da companhia aérea etc.