Conforme declarado, mesmo na página da web para a qual você está vinculando: Sim.
Em outubro de 2017, um Tribunal de Apelação da UE confirmou a interpretação da CAA do Reino Unido de que o destino final deve ser incluído no atraso total. Isso significa que, se o passageiro perder uma conexão fora da UE e terminar com um atraso maior que o tempo indicado acima, mesmo que o atraso no voo que sai da UE seja inferior aos tempos mencionados acima, o atraso total será usado e não apenas o atraso em deixar a UE.
Relevante para o cálculo da compensação é o atraso no seu destino final (a última parada em um bilhete com várias pernas).
Houve algumas controvérsias a esse respeito, uma vez que a redação do regulamento não é muito clara sobre esse assunto e várias companhias aéreas recentemente se recusaram a pagar uma indenização em tais situações. No último veredicto relevante do tribunal de outubro de 2017, o Tribunal de Apelação do Reino Unido decidiu, em dois casos contra a Emirates, que esta é a interpretação correta do regulamento. Anteriormente, houve processos em outros países da UE, onde os tribunais chegaram à mesma conclusão.
Em 31 de maio de 2018, o Tribunal de Justiça das Comunidades Europeias decidiu Wegener / Royal Air Maroc, EU: C: 2018: 361 , concluindo:
o regulamento aplica-se a um transporte de passageiros efetuado sob uma única reserva e que compreende, entre a partida de um aeroporto situado no território de um Estado-Membro e a chegada a um aeroporto situado no território de um terceiro Estado, uma escala programada fora do território europeu União com uma mudança de aeronave.
Não pode ser muito mais claro do que isso que os atrasos ocorridos na ou após essa escala também sejam cobertos pelo regulamento. (No caso de Wegener, a causa final do atraso do passageiro aconteceu no aeroporto da UE - mas o raciocínio do tribunal nem sequer se refere a esse fato, e a conclusão é simplesmente que toda a reserva está coberta pelo regulamento).