Eu me encontrei em um quebra-cabeça interessante. Aqui está a versão simplificada:
Eu tenho um vôo de A para C, conectando através de B. Eu decido que a partir de B eu realmente quero ir para D, então eu compro um bilhete separado para aquela viagem *. Os voos B-C e B-D ocorrem quase ao mesmo tempo e com a mesma companhia aérea **. Haverá um problema com o check-in em B-D, já que nesse momento eu já estarei fazendo check-in em seu sistema para toda a viagem A-C, incluindo a perna B-C? Nenhuma bagagem está envolvida.
Alguma informação extra: (*) Cada perna é relativamente curta dentro da Europa, com tarifa econômica. Em particular, mudar o bilhete A-C para A-D provavelmente seria mais caro. (**) A viagem B-D pode ser feita com outra companhia aérea. Isso muda a resposta?