Existem algumas inconsistências com o sistema de check-in da Air Canada. Apenas no ano passado reservei via Air Canada uma viagem de 21 voos, feita de 9 non-stop e 6 pares de voos de ligação, por isso aconteceu por vezes que eu não podia fazer o check-in através daqueles que foram voos de ligação mas tudo estava OK.
Primeiro, como você tentou o site do AC. Quando você reservou através deles, esse é o site que está provavelmente trabalhar. Tenha cuidado, porque às vezes eles te dão mais de um número de referência (para minha viagem de 21 vôos, eu tinha 3), então você tem que usar o caminho certo na hora certa. Todos os números foram listados na confirmação da reserva.
Checkin abre cerca de 23 horas antes do voo. Quando você tem um vôo muito longo seguido de outro, é possível que o próximo ainda esteja a mais de 23 horas de distância, então o check-in não estará disponível. Quando você tem um curto e um longo, então você pode ser capaz de fazer o check-in de uma forma, mas não a outra por causa disso.
Às vezes eles simplesmente não conseguem. Embora isso não se aplique à Lufthansa em nenhum dos meus segmentos, um AC seguido por duas conexões domésticas da GOL me forçou a fazer o check in manualmente no balcão do Brasil.
Você menciona seleção de lugares que foi ainda mais spottier em todo o meu itinerário. Descobri que fazer a seleção via TAP Portugal foi mais sucesso do que outros, mesmo para voos não TAP (pelo menos para aqueles que correspondem ao número de referência correto). Também permitem que você selecione assentos que foram ignorados pela próxima companhia aérea que aconteceu quando eu me conectei da TAP para a Thai Airways. Isso é agravado se você tiver o status de companhia aérea, pois alguns voos que não sejam da CA poderão ver meu nível - e fornecer os privilégios que vêm com ele -, mas alguns não o fizeram.