Uma vez que seu amigo tenha passado por uma visita ao VWP , ele será impedido para sempre de entrar novamente no VWP, independentemente do passaporte que ele estiver usando.
A única maneira de readmitir-se nessa situação é de fato solicitar um visto com antecedência. Provavelmente não importa muito com qual dos dois passaportes ele solicita o visto; mas ele precisará ser honesto sobre o tempo de permanência em seu aplicativo em ambos os casos.
Para obter as melhores chances de sucesso, ele deve anexar uma explicação convincente do período anterior à aplicação. Não espere para ser solicitado!
(Aplicar com o passaporte sul-africano e fingir que a estada não aconteceu provavelmente seria uma receita rápida para ser recusada por engano, o que tornaria algo extremamente difícil e impossível obter um visto americano depois).