Você deveria ficar bem. Todos os pontos de entrada em todo o país são sincronizados para usar os mesmos registros, para que todas as anotações feitas em San Diego sejam visíveis na próxima vez que você entrar, independentemente de onde você vá.
Dito isto, existe um risco (pequeno) de que o oficial do CBP não conserte completamente seus registros; portanto, quando você sai do país, sua saída não está vinculada à sua entrada. Se sim, como os EUA não têm registro de sua saída, você pode ser considerado um superavisor ilegal e ser parado na próxima vez que chegar. Se você tiver provas de que deixou os EUA, por exemplo. um carimbo de entrada em outro país, você pode resolver isso imediatamente; se não, as coisas podem ficar peludas.
Em um país são, isso seria resolvido na saída da imigração, mas o tio Sam não tem isso. Se você quiser verificar, escreva para o departamento CBP FOIA e solicite um registro de sua viagem aos EUA , que deve mostrar suas entradas e saídas, e então você pode (tentar) agir se sua saída não aparecer .
Tudo isso dito, a confusão com sua sobrinha parece bizarra e confusa. Como um palpite, acho que alguém estragou alguma entrada de dados enquanto processava seu visto, embora ainda não entenda como eles poderiam substituir os detalhes de sua sobrinha. Qual visto você tem e ela patrocinou sua inscrição ou algo assim?