Respostas:
Em primeiro lugar, não é para onde a ferrovia transiberiana vai. Você precisará desconectar e pegar o trem de Nososibirsk até Almaty (35 horas). De lá, você está sem sorte, em termos de trem. Você pega um táxi ou ônibus compartilhado do outro lado da fronteira de Almaty para Bishkek (é muito fácil, o ônibus o deixa na fronteira, você atravessa e o encontra do outro lado).
De Bishkek, como você espera - você precisará de táxis compartilhados. Há um trem - de Bishkek ao Lago Issyk-Kul, mas é mais lento que o ônibus (eu testei - peguei o trem de um lado e o outro ônibus - o ônibus é muito mais rápido).
Observe que você precisará de uma permissão para entrar na área de Pamir no Tajiquistão, além de um visto.
A outra maneira é descer de São Petersburgo através de Volgogrado, Astracã, atravessar Aktau / Beynou e até o Uzbequistão (especificamente Kungrad) em Obshi - veja meu post sobre este último pedaço, se você estiver interessado. De lá, você treina / compartilha o táxi até Tashkent; nesse ponto, você pode pegar táxis compartilhados até Dushanbe, depois Khorog (1-2 dias) e até Murghab.
Na verdade, há um trem direto de Moscou para Dushanbe, pelo menos em junho de 2014, quando eu estava em Dushanbe. Segundo informações do Caravanistão, o trem sai de Moscou às 12h08 e chega a Dushanbe às 16h14 5 dias depois. Eles também escrevem que você precisa de vários vistos, além do russo e tadjique, um visto de trânsito cazaque e um visto uzbeque de entrada dupla. Dependendo da sua nacionalidade, você pode precisar de menos. Nenhum trem passou por Dushanbe em direção a Pamir.