Em princípio, não deve haver nenhum problema, pois seu visto tipo D permite que você entre no espaço Schengen e visite outros países ( até 90 dias em um período de 180 dias ).
No entanto, seu visto precisa ser válido (ou seja, você só pode usá-lo após o dia em que começa a ser válido na Hungria, não é possível planejar sua viagem para chegar bem a tempo em Budapeste). Se os guardas de fronteira se perguntarem por que você está indo para a Holanda em vez da Hungria, simplesmente poder mostrar seu outro bilhete deve ser suficiente para aliviar suas preocupações, mas ter algo provando que você está registrado como estudante e seus estudos começam mais tarde também não podem prejudicar, apenas em caso.
Observe que a situação do seu visto será verificada ao embarcar no Peru, muito antes de você chegar ao cheque do passaporte em Madri. Se você possui um visto válido do tipo D, a companhia aérea não deve causar nenhum problema, mas esse será o maior obstáculo. Depois de entrar na área de Schengen em Madri, você provavelmente não será mais verificado (por exemplo, não aterrissando em Amsterdã e também não quando estiver viajando para Budapeste ou aterrissando lá). Você precisa mostrar o ID para o pessoal de manuseio para fazer o check-in e embarcar no voo da KLM, mas não deve haver nenhuma verificação policial sistemática.