Três são dois fatores principais para a diferença entre os dois voos que você listou.
O primeiro é a sobrecarga de decolagem, subida, decente e pouso. Eles serão aproximadamente equivalentes para todos os voos, portanto são basicamente uma sobrecarga fixa.
Para os dois voos que você listou, os horários indicados são os publicados pela companhia aérea e, portanto, incluem o horário de portão a portão, incluindo táxi / etc.
Escolhendo um LAX-ABQ aleatoriamente, o UA6474, o FlightAware mostra que o tempo médio de voo é de aproximadamente 1 hora e 25 minutos, e não 2 horas, conforme indicado. As 2 horas incluem tempo de táxi e algum buffer adicional que as companhias aéreas normalmente adicionam.
Escolhendo um SJC-ORD aleatoriamente, AA1008, o FlightAware mostra que o tempo médio de voo é de aproximadamente 3 horas e 45 minutos, e não 4 horas, como você afirmou. Novamente, as 4 horas incluem horário de táxi.
Mesmo assim, isso é ignorar a sobrecarga de decolagem / subida / decente / aterrissagem, que ocorre apenas uma vez por voo e não está relacionada à distância.
O segundo fator principal é o tipo de avião e, portanto, a velocidade máxima voada. O LAX-ABQ normalmente seria pilotado por um jato "regional" - um avião menor e menos potente, geralmente com uma velocidade de cruzeiro mais baixa. O SJC-ORD seria pilotado por um jato de "corpo estreito" (ou ocasionalmente para outros voos de comprimento semelhante a um "corpo largo"), que normalmente teria uma velocidade de cruzeiro mais alta.
Isso varia dependendo dos jatos exatos, mas pode ser 10% a mais para a velocidade de cruzeiro padrão.