Sua pergunta é um pouco confusa. Você está perguntando sobre se hospedar em Tóquio, mas não há estalagens termais ("ryokan", como outros já apontaram) que eu conheço em Tóquio. Em Tóquio, sua melhor aposta para uma experiência japonesa autêntica provavelmente seria uma das pousadas.
Você pode, no entanto, encontrar ryokan em Kyoto, embora essa cidade não seja particularmente famosa por suas fontes termais.
Se você quer um bom ryokan perto de Tóquio, eu recomendaria a cidade turística de Hakone, perto do Monte. Fuji. Existem muitos ryokans de vários níveis de preços, muitos com seus próprios banhos termais privados. É um pouco turístico, mas direcionado aos japoneses, não estrangeiros.
Eu também gosto de Nikko, que está localizado nas montanhas do outro lado de Tóquio e possui vários templos famosos.
E se você é do tipo aventureiro, eu recomendaria Kusatsu (prefeitura de Gunma, NÃO Shiga), uma pequena cidade turística nas montanhas. Eles têm vários "famosos" banhos termais públicos ("onsen") lá, e é uma das melhores lembranças que tenho do Japão depois de morar lá por um ano. Não é tão fácil chegar como os outros. Alguns amigos japoneses nos levaram até lá; tudo o que me lembro é que pegamos um trem de alta velocidade da estação Ueno de Tóquio, depois um ônibus local por alguns quilômetros depois disso. Mas definitivamente vale a pena, se você tiver tempo.
Finalmente, eu recomendaria o uso de uma das muitas agências de viagens localizadas em todo o país. Não sei se você sabe disso, mas o turismo é um grande negócio no Japão, e há agências de viagens por todo o lugar, geralmente nas estações de trem. Eles oferecem promoções com descontos para lugares em todo o Japão (e no mundo) com ótimos serviços (o serviço também é um grande negócio na Terra do Sol Nascente). Imagino que as agências de uma das principais estações de metrô (como a estação de Shibuya, Shinjuku ou Tóquio) falem inglês e possam fazer suas reservas e reservar suas passagens de trem e tudo o mais que você precisa.
Espero que ajude, desculpe por ser tão demorado, mas o Japão é um dos meus lugares favoritos ... :-)