Ambos são realmente fáceis de alcançar. Como Artem observou, você pode pegar o NJ Transit de Newark para a NY Penn Station, que é mais confortável que o metrô.
Na verdade, você pode fazer uma viagem quase idêntica a partir do JFK: você pega o AirTrain do seu terminal até a parada da Jamaica e pode transferir para qualquer trem da Long Island Railroad (LIRR), ligado à estação Penn. Você acaba no mesmo local central e conveniente de Manhattan que a opção NJ Transit from Newark.
Pode ser uma opção melhor para voar para o JFK, já que é um fim de semana. Parece que o LIRR é executado com mais frequência nessa hora do dia aos sábados (~ 3 vezes por hora). Os trens da NJ Transit parecem estar às: 04 e: 15 da hora - para que você possa esperar cerca de 50 minutos por um trem. (Você pode visualizar a Agenda de Trânsito de NJ - selecione o Aeroporto Newark para a Estação Penn de Nova York - e a programação LIRR - Jamaica para a Estação Penn - você mesmo.) Ambas as opções custam cerca de US $ 12 a 15 dólares por pessoa só de ida. leve você até o centro de Manhattan, com conexões fáceis para cerca de 8 linhas de metrô.
Você também tem a opção de pegar dois ônibus de Newark até a Estação Penn , que o Google Maps diz que são aproximadamente a mesma quantidade de tempo (~ 40 minutos) que pegar o trem da JFK . Obviamente, isso não explica o tráfego que você pode enfrentar no ônibus.
O JFK tem a opção adicional de pegar um metrô para Manhattan. Embora seja mais barato (US $ 5 para o AirTrain + US $ 2,25 para o metrô), acho que essa opção leva muito mais tempo e, se estiver cheia, lidar com a bagagem pode ser uma dor.
O About.com tem um bom resumo de todas as suas diferentes opções para viagens JFK-Manhattan, bem como viagens EWR-Manhattan . (Existem ônibus disponíveis em ambos os aeroportos para vários locais em Manhattan, mas não posso falar por experiência própria.)
Minha recomendação pessoal seria voar para o JFK; levar o AirTrain ao LIRR é uma boa opção no meio da estrada que combina conveniência, conforto e acessibilidade. (Os táxis são caros, os ônibus geralmente são mais lentos e mais lotados, o metrô é um sucesso ou um erro e eu nunca peguei o ônibus.)