Unidades externas (ou internas - mesma unidade, caso diferente) não terão problemas com viagens aéreas comerciais. Os raios X não os afetam, e quaisquer vibrações em vôo capazes de danificar uma unidade de disco também destruirão o avião.
Agora, supondo que esteja desligado. As unidades em execução não gostam de ser trocadas, mas isso também se aplica à sua mesa. Como Ital mencionou, a altitude é um fator para os giros, mas os limites de altitude estão bem acima da pressão padrão da cabine. Se as máscaras amarelas saírem do teto, é hora de guardar o computador de qualquer maneira, pois você aterrará em breve.
Portanto, a menos que você o desça da escada ou caia do carrinho de bagagem e seja atropelado por um reboque da aeronave, tudo ficará bem.