Sim, porque o seu voo (embora um compartilhamento de código) é realizado por uma companhia aérea Etihad - também estou disposto a apostar que possui um número de voo de 4 dígitos.
Ao chegar a Abu Dhabi, você passará um tempo na sala de trânsito e embarcará no seu próximo voo.
No check-in, você receberá definitivamente dois cartões de embarque Joanesburgo - Abu Dhabi, Abu Dhabi - Sydney; e também, possivelmente, o cartão de embarque Sydney - Auckland.
Em ambos os casos, suas malas serão despachadas para a Nova Zelândia.
O motivo pelo qual você não recebe um passe para a etapa final em Joanesburgo é que, às vezes, os sistemas de reserva de voo não têm os dados da aeronave para emitir assentos. Nesse caso, você pegará seu cartão de embarque no balcão de transferências em Sydney.
Isso é raro, mas acontece.
No entanto, em todas as circunstâncias, você limpará a alfândega e a imigração em Auckland e pegará sua bagagem lá.