tl; dr: os aeroportos gostam de vender bebidas (e isso pode aumentar a segurança)
Conforme descrito por @jpatokal, é realmente possível produzir explosivos com alguns líquidos e, portanto, as companhias aéreas usaram a segurança como um motivo para proibir todos os líquidos.
Embora a quantidade de ataques terroristas impedidos por isso esteja provavelmente na faixa de 0 a 1 (o que certamente pode valer a pena), há um efeito colateral que é facilmente perceptível:
Como é mais difícil para as pessoas organizarem suas próprias bebidas, o número de bebidas compradas em um aeroporto aumenta. Não consegui encontrar uma citação para isso, mas posso atestar isso por experiência própria.
Portanto, impedir que as pessoas usem garrafas pode aumentar a segurança, mas definitivamente aumentará a receita. E isso é pelo menos parte do motivo pelo qual a regra obteve suporte suficiente para ser implementada.