Não sou especialista no assunto, mas essa personalização de um voo, chamada de serviços auxiliares , geralmente é comercializada para agentes de viagens como um gerador de lucro.
Primeiro vamos esclarecer os diferentes atores. As companhias aéreas oferecem e operam vôos, as empresas GDS (Sistema de Distribuição Global) distribuem os vôos às agências de viagens e estas vendem para o viajante (você). Os agentes de viagens podem ser o seu agente de viagens local em seu escritório, o agente de viagens on-line (OTA), como Expedia, Opodo ou Kayak, ou a própria companhia aérea através de seu site, serviço telefônico ou escritório.
Em todos os casos, o agente de viagens decide qual serviço auxiliar vender ao cliente. O agente de viagens provavelmente paga para implementar a distribuição de serviços (para o GDS) e recebe uma taxa por transação realizada. Como a seleção de refeições geralmente não é uma opção lucrativa - geralmente é gratuita e acho que as pessoas religiosas ou alérgicas reagiriam mal se tivessem que pagar para obter uma refeição específica - não vale a pena oferecer aos agentes de viagens. Como comentou a @drat, as companhias aéreas também têm poucos incentivos (e custos logísticos mais altos) para oferecê-las. Portanto, faz sentido não oferecer opções de refeições diretamente online. Observe que algumas OTAs oferecem um campo de texto livre no final da reserva, sem prometer que serão lidas por qualquer pessoa (eu já vi isso em govoyages, por exemplo).
No caso da Emirates e da Singapore Airlines, tenho em mente que a imagem deles se baseia na abertura de espírito, na globalização e no respeito à cultura dos viajantes. Insisto no fato de que é a imagem que tenho; talvez você não sinta o mesmo. Mas oferecer uma escolha de refeição é um bom argumento de marketing para uma companhia aérea em crescimento em todo o mundo. Pelo contrário, a Air Transat tem como alvo principal os canadenses que visitam o Caribe e os viajantes transatlânticos, com menos de uma variedade de viajantes. Oferecer uma grande variedade de refeições seria mais um fardo do que um argumento de marketing para eles. E a Air Transat oferece serviços auxiliares em seu site, como a seleção de assentos; portanto, é uma opção deliberada não oferecer seleção de refeições.
No final, suponho que as razões sejam econômicas. Custa menos oferecer menos opções e não preparar muitas refeições. Depende do agente de viagens do qual você comprou seus ingressos, mas não existe uma regra para quem oferece a seleção de refeições ou não. Se isso importa muito, você pode tentar comprar sua passagem de outro agente de viagens, pois pode funcionar melhor.