A única solução parece ser entrar em contato diretamente com o consulado e perguntar o que eles podem fazer. Como é um erro, eles devem poder corrigi-lo facilmente, mas se não o fizerem, não há procedimento estabelecido para obter uma extensão rapidamente. Uma viagem ao consulado será, no entanto, necessária em qualquer caso. Aliás, é um pouco mesquinho deles fazer isso, pois a emissão de vistos mais longos é recomendada para os marítimos, dada a natureza de seu trabalho.
Se isso não funcionar, você ainda pode tentar obter um visto ao chegar ao porto no final do seu contrato, os marítimos são mencionados especificamente na regulamentação pertinente (artigo 36 do código de visto Schengen) e no Manual associado como um dos poucas categorias de pessoas que podem solicitar um visto na fronteira. Não tenho ideia de como isso funciona na prática ou se isso pode ser um problema para o seu empregador, mas é pelo menos legalmente possível.
Provavelmente, você precisará do livro de marinheiro, uma carta de apresentação da empresa que o contratou e os detalhes do navio (como você provavelmente fez para a sua inscrição).