Tanto quanto eu sei, as decisões são baseadas no próprio documento. É apenas um elemento no aplicativo, como o restante da documentação de suporte que você deve enviar. Dependendo do país e do tipo de convite, ele pode conter algum carimbo ou assinatura oficial que o autentica (geralmente de um município), mas provavelmente não corresponde a um banco de dados e não tenho certeza se os consulados costumam entrar em contato com alguém para verificá-los (embora eles obviamente podem).
Agora, seus comentários a essa e a outra pergunta sugerem que o convite em questão realmente não existe mais (ou seja, você pode ter uma carta dizendo isso ou aquilo em sua mão, mas na verdade não está convidado a participar de nada). Se você solicitar um visto com base nesta carta, deverá enviar informações materialmente incorretas ao consulado e deturpar ativamente sua situação e intenção. Isso é fraude, pura e simplesmente, e pode ter consequências muito graves. Não sei se o consulado pode detectá-lo facilmente (eles podem perceber algo, por exemplo, durante uma entrevista), mas isso ainda é arriscado.
Por fim, o convite é apenas um documento que atesta algo. O que importa aqui é a realidade subjacente: o fato de que você pretende participar do projeto e de que seu anfitrião confirma isso. Se isso não for mais verdade, você não deve esperar que o convite produza algum efeito. Por esse motivo, um simples telefonema seria suficiente para criar sérias dificuldades para você. Não há necessidade de cancelar formalmente nada.
E, fraus omnia corrumpit , qualquer visto obtido dessa maneira pode ser anulado a qualquer momento, com todas as consequências associadas à detenção, remoção e uma redução maciça de sua credibilidade para qualquer pedido de visto adicional. Você pergunta sobre o consulado e a fronteira, mas uma dica anônima depois de entrar no país também seria suficiente. Se você não pretende participar deste projeto, não deve fingir que sim.