Termos e condições da SNCF, edição de agosto de 2015 :
Se um trem é cancelado ou retardado e o transporte é efetuado, por experiência, antes do objetivo de localizar o destino definido no contrato de transporte, a taxa de transferência fica a mais de 60 minutos de atraso, o transporte realizado, e as condições disponíveis no ponto 9.1.3 ci-dessous: a. exportar o reembolso do prêmio de transporte correspondente a uma viagem realizada ou à parte da viagem a uma viagem realizada ...
Google Translate, limpo um pouco:
Se um trem for cancelado ou atrasado, e se a transportadora puder, por experiência, prever objetivamente que o destino definido no contrato de transporte será atingido com mais de 60 minutos de atraso, o viajante poderá, nas condições estabelecidas no parágrafo 9.1.3 abaixo: para. o reembolso da demanda do preço do transporte para a jornada não foi realizado ou a parte da jornada que não foi realizada.
Portanto, se você tivesse comprado um bilhete combinado de trem e ferry da SNCF e o trem estivesse atrasado mais de uma hora, a SNCF seria realmente responsável por 100% do preço do bilhete.
No entanto, como o ferry em questão aparentemente não foi "definido no seu contrato de transporte" (= passagem de trem), você está oficialmente sem sorte . Obviamente, isso não impede você de tentar obter um reembolso, mas não consigo encontrar motivos nos T&C para justificar isso.