Isso depende do tamanho e da popularidade do seu trajeto. Um pequeno ônibus entre duas comunidades rurais que tem, no máximo, algumas centenas de pessoas pode nem mesmo correr se o motorista tiver um mau humor naquele dia, mas um trem InterCity quase sempre estará dentro do cronograma. Na maioria dos casos você deve se permitir 5-15 minutos de atraso, quase todos os trens principais chegarão dentro deste prazo.
O transporte público em Budapeste é geralmente bom, mesmo que haja atrasos, o sistema compensa com frequência e rotas alternativas.
Ônibus entre cidades (especialmente aqueles que não usam rodovias) tendem a se comportar de forma irregular, já que às vezes eles podem acumular atrasos bastante grandes ao longo de suas paradas devido a alguns passageiros problemáticos (que não entendem que este não é o ônibus eles estavam esperando, que desejam pagar com uma nota enorme que o motorista não tem nenhuma mudança para, tenta pagar com cartão de crédito, etc.) ou muitos pequenos problemas (dezenas de pessoas raspando a mudança de seus bolsos enquanto outros estão esperando por trás eles, uma turma toda da escola a embarcar num autocarro, etc.).
Então, no geral, a resposta genérica é que eles são razoavelmente pontuais na maioria dos casos, mas há exceções. Se você mencionar sua rota exata, talvez eu possa fornecer algumas estimativas melhores (se tiver alguma experiência em relação a essa área específica).