Como você está chegando de fora da área de Schengen e indo para um destino fora da área de Schengen, sim, haverá uma maneira separada para os passageiros em trânsito. Isso é especificamente para que eles possam alcançar seus voos de saída sem passar pelo controle de passaporte.
Se você está autorizado, ou seja, se possui ou não precisa de visto para entrar na Alemanha e se tiver tempo suficiente, também pode passar pelo controle de passaporte e ver as outras partes do aeroporto ou até mesmo entrar na cidade. Se você fizer isso, também passará pelo controle de passaporte de saída ao embarcar no seu voo.
Se você está preocupado em ficar confuso com tudo isso, não fique. Os sinais são muito fáceis de seguir para chegar à parte apropriada do aeroporto. Para ignorar o controle de passaporte, siga as indicações apropriadas para o número do portão do seu voo.