Disclaimer: Isso não é especificamente em Kyoto. É cerca de 1h de trem / carro da estação de Kyoto.
O Takenaka Carpentry Tools Museum pode ser o que você está procurando.
Está localizado em Kobe, perto de Osaka.
(fonte: dougukan.jp )
O museu apresenta MUITA informação e exibe como a madeira e a carpintaria evoluíram do Japão pré-histórico até os dias modernos. O prédio é lindo e há muitos exemplos das diferentes técnicas demonstradas.
Você também pode pedir emprestado um guia de áudio muito completo que conclui a visita muito bem (o que eu recomendo que você faça).
Um ponto de bônus é que, enquanto estiver em Kobe, você poderá comer um incrível Kobe Beef!