Não, você não receberá crédito de passageiro frequente se não voar. Independentemente de você fazer check-in ou não. Mesmo que você embarque e decida não voar, você será descarregado do manifesto e não receberá crédito *. As companhias aéreas são obrigadas a saber exatamente quem está a bordo por vários motivos, alguns dos quais regulatórios e outros para fins contábeis. Imagine o que aconteceria se a aeronave caísse e eles não tivessem certeza de quem estava a bordo.
* É claro que os erros acontecem, portanto, é possível obter crédito para voos fantasmas tanto quanto é possível não obter crédito para os voos em que voou. Eu recebi muitos deles!
Atualização respondendo aos comentários:
Um pouco sobre por que as companhias aéreas não permitem o acúmulo de milhas sem pegar um voo.
Tomar um voo puramente com o objetivo de obter os benefícios tangenciais à jornada real é denominado Corrida de Milhas. As pessoas fazem isso porque, em determinadas circunstâncias, pode ser possível obter mais benefícios do que o custo do voo. Isso pode estar nos vários tipos diferentes de milhas acumuladas - resgatáveis (RDM) ou qualificadas (EQM) ou segmentos (EQS) ou pontos (EQP) e, em alguns casos, por exemplo, BA ou VS, Tier Points. Além disso, como Tom ressalta, pode haver benefícios muito reais associados à obtenção de um status mais alto de passageiro frequente.
Se as pessoas pudessem fazer isso sem realmente voar, não haveria mais quilometragem. Como você realmente precisa viajar de avião, não pode fazer um acordo barato de LAX para LAS se estiver em casa em Londres ou Paris. Mesmo que as companhias aéreas como você comprem passagens para voos que não toma, não querem que você se beneficie com isso, caso contrário, provavelmente estragaria o gerenciamento de receita, entre outras coisas.
Alguns links:
Quilometragem percorrida - Quora
Tópico sobre como ganhar milhas sem voar no flyertalk
Outro no insideflyer
E este que significa que este tópico é uma duplicata ...
Posso reivindicar milhas se eu comprei os bilhetes, mas não peguei o voo?