Existem alguns conceitos diferentes que entram em jogo aqui.
Em primeiro lugar, a razão pela qual os custos dos ingressos variam é que as companhias aéreas normalmente fazem o preço com base no ponto inicial e final, independentemente de como você chega entre essas duas cidades. Então, no seu caso, há três vôos diferentes sendo discutidos aqui - "A-C", "A-B" e "B-C". O fato de o voo A-C ir via B não necessariamente entra em jogo com os preços. Pelo que você disse, A-C é mais caro que A-B mais B-C, o que não é de todo incomum.
No entanto, o que você está vendo não deve acontecer com qualquer mecanismo de reservas que valha a pena. A maioria dos mecanismos de reserva de voo considerará as várias possibilidades ao precificar voos e, nesse caso, deve perceber automaticamente que os preços A-B, B-C são mais baratos do que A-C e precificam o ingresso com a tarifa mais baixa. Se não é isso que você está vendo, sugiro reservar o ingresso em outro site, com um agente de viagens ou por telefone. Você também pode querer tentar entrar no vôo como um "multi-stop", e manualmente colocar na parada em B, que deve levá-lo ao preço como duas tarifas separadas.
Apesar do que os outros disseram, NÃO HÁ NENHUMA desvantagem em reservar os dois voos individualmente - desde que os seus dois voos estejam marcados no único "bilhete"! ou seja, se você reservar ambos os vôos ao mesmo tempo, obter um único número de confirmação e um único número de bilhete, é exatamente o mesmo em termos do que acontece durante atrasos / etc, como se você os tivesse reservado como um único voo. Isto é o que você obterá se você os reservar como tarifa multi-stop como mencionado acima.
Se você os reservar como dois voos completamente independentes em bilhetes diferentes (ou seja, você reservar AB, pagar por isso, e depois reservar o BC e pagar por ele separadamente), então pode haver dificuldades em caso de atrasos / cancelamentos / etc, como outros têm disse, e eu evitaria fazer isso - mas não deveria haver necessidade de fazer isso.
Um bom lugar para verificar tarifas como esta é http://matrix.itasoftware.com/ como isso não só mostrará a tarifa mais barata entre os dois locais, mas se você detalhar, mostrará exatamente como a tarifa está sendo precificada. por exemplo, eu fiz um teste rápido dos aeroportos SMF para SJC nos EUA, e isso me deu o seguinte:
Então, na verdade, o voo é reservado como duas passagens aéreas separadas - uma da SMF (também conhecida como SAC) para a LAX e uma segunda da LAX para a SJC. Se você reservasse, ainda conseguiria um ingresso, um número de confirmação e ainda seria considerado em caso de atrasos / etc - mas, tecnicamente, você reservaria dois voos individuais, com preços individuais.