Não tenho certeza sobre a parte do visto, mas sobre o tempo:
Pelo trem mais barato, me lembro que o aeroporto de Narita fica a cerca de duas horas de Tóquio. Além disso, você pode precisar voltar ao aeroporto pelo menos uma hora antes do embarque e, possivelmente, mais. E o sistema de trens no Japão é notoriamente complexo. Será muito fácil se perder e perder seu voo em Tóquio (já fiz isso uma vez) e será muito caro apenas pegar um táxi até o aeroporto de Tóquio. Você pode alugar um carro, mas precisará se preparar com antecedência, porque mesmo com o inglês em todas as placas, nomes de lugares japoneses etc. pode ser um pouco desconcertante quando você não está acostumado.
Se você quiser apenas mergulhar na cultura japonesa, não se preocupe, pois Narita tem muito a oferecer para uma cidade aeroportuária. É muito compacto, difícil de se perder e próximo ao aeroporto, portanto, mesmo que você precise pegar um táxi, não será muito caro. É um típico pequena cidade japonesa com muitas pequenas lojas, comida, parques, um museu de caligrafia e um templo que é pelo menos mil anos de idade .
Nas minhas duas primeiras vezes no Japão, tive apenas 24 horas em Narita entre os vôos e gostei muito.