O que geralmente acontece é que, originalmente, existe uma estação chamada X (que pode ou não ter o nome da cidade onde está localizada). Em algum momento, é decidido que a área precisa de uma nova estação e que a nova estação seja chamada apenas "Shin-X", que deve ser entendida como significando "o novo X".
Às vezes, a razão pela qual uma nova estação é necessária é que uma nova linha de Shinkansen para a área seja planejada e é determinado que a estação existente não é adequada para acomodá-la. Foi o que aconteceu em Shin-Osaka, por exemplo: a área ao redor da estação de Osaka não tinha espaço suficiente para os desenvolvimentos necessários.
Entretanto, pode haver muitas outras razões pelas quais uma nova estação é necessária. No caso de Shin-Sapporo, era para servir um novo desenvolvimento urbano (que aliás também era chamado Shin-Sapporo). Um interessante é Shin-Rifu (na cidade de Rifu, perto de Sendai), que foi criada quando o Tohoku Shinkansen começou a operar, não porque o Shinkansen realmente vai a esta estação, mas para acomodar funcionários e visitantes do pátio ferroviário vizinho de Shinkansen. A página wikipedia japonesa de uma estação geralmente possui uma seção "História", onde são fornecidas algumas informações básicas sobre seu estabelecimento.
E às vezes Shin é apenas parte do nome "real" da estação, como acontece com a estação Shintoku (na cidade de Shintoku, Hokkaido).