Eu fiz exatamente isso há dois anos. Existem algumas agências de aluguel de carros que permitem que você pegue o carro no ferry e outras que não. Eu tinha um carro com a Avis, o que não permite que você pegue o carro na balsa. Eu reservei um carro (pick-up: Auckland, retorno: Christchurch) de qualquer maneira, e eles estão preparados para isso. Você devolve seu carro no terminal da balsa, sobe na balsa e recebe um carro novo quando chega ao terminal na outra ilha. Este é apenas um contrato de aluguel.
A agência de aluguel de carros precisará saber com antecedência quando você está pegando a balsa para este serviço. No meu caso, contei a eles quando peguei o veículo na ilha norte. Como você deseja fazer uma viagem de ida e volta, você precisará informar as duas datas de travessia.
Naquela época, não havia pacote disponível para carro + balsa - eles precisavam ser reservados separadamente. Embora ter de informar a data da travessia com antecedência pareça uma desvantagem (pois reduz sua flexibilidade), lembre-se de que a balsa está frequentemente esgotada - portanto, você precisará garantir as passagens com bastante antecedência e você será capaz de informar a agência de aluguel de carros suas datas de travessia nesse ponto.