Meu conhecimento de diferentes aeroportos não é exatamente vasto e tudo o que sei é sobre a Europa, mas ainda há um padrão. Frequentemente, se um aeroporto tiver dois terminais diferentes (como em edifícios separados fisicamente ; eu hesito um pouco em usar os 'terminais' do aeroporto de Helsinque nesse contexto), eles serão construídos em momentos diferentes na história do aeroporto. Isso também significa que o segundo terminal foi adicionado posteriormente para acomodar um número maior de voos e, se você for separar voos por terminais, poderá fazê-lo corretamente, ou seja, de maneira organizada.
É por isso que muitas vezes um terminal lida com todos os vôos de uma aliança, enquanto um segundo terminal lida com todos os outros vôos - o terminal que lida com apenas uma aliança (além de vôos menores que não sejam de aliança) normalmente lida com a transportadora de bandeira do respectivo país e geralmente é o mais novo terminal (por exemplo, Munique, Heathrow). O aeroporto de Frankfurt é a exceção mais notável onde os voos da Lufthansa (da Alemanha) e, portanto, da Star Alliance partem do antigo terminal 1.
Como outros já mencionaram, existem muitas instalações fisicamente difíceis de mover nos terminais nos quais as companhias aéreas confiam; balcões de check-in, sendo um dos mais visíveis. Mas também é necessário pessoal que precisa se deslocar entre os portões após a partida de um voo para cuidar do próximo vôo. A mudança da equipe de um terminal para outro seria um grande aborrecimento se fosse apenas para um ou dois voos. Obviamente, se uma companhia aérea usa mais de um terminal de qualquer maneira, isso é menos problemático: basta contratar funcionários específicos do terminal.
E é aqui que eu irei trazer Helsinque, afinal: enquanto os voos da Finnair geralmente chegam e partem do terminal 2, os dois terminais são do mesmo prédio e apenas separados por um corredor. Se, por algum motivo (acidente ou outra coisa), muitos portões de um lado do corredor estiverem bloqueados, posso ver facilmente a Finnair desviando um voo para um terminal 1-portão próximo ao terminal 2. Nesse caso, o incômodo de se mover seria menos do que se você tivesse que ir de um extremo ao outro do terminal 2 de Munique.
Obviamente, grandes catástrofes imprevistas podem sempre acontecer. Se houver recursos disponíveis, o menor aborrecimento às vezes seria direcionar os passageiros para um terminal diferente, em vez de cancelar completamente o voo.
Tl; dr: mudar de terminal, especialmente quando terminais são edifícios separados, não é feito em um minuto. Assim, as mudanças nos terminais dos voos são raras, mas podem acontecer.
Eles são mais prováveis se os 'terminais' estiverem dentro do mesmo prédio ou se a companhia aérea sair de ambos os terminais de qualquer maneira.