O trabalho das companhias aéreas ao verificar seus documentos durante o check-in de um voo é garantir que você tenha o direito de estar no país para onde o está levando (e você é quem diz que é, nenhuma fraude no cartão de crédito é ocorreu e você não é um bandido). Como você mencionou, de acordo com as regras da maioria dos países, isso normalmente significa que você precisa de uma certa validade no seu passaporte, tempo suficiente para 'conter' o visto que será necessário para a visita.
Basicamente, você deve considerar seus passaportes como três coisas separadas. Eles são uma prova para a companhia aérea de que você tem permissão para embarcar em um avião, devem mostrar às autoridades de imigração do país A que você está saindo do país A e são uma prova para as autoridades de imigração do país B que você pode entrar país V.
Pelo que entendi aqui - você estará entrando na África do Sul com um passaporte sul-africano em breve a expirar ..... o que deve ser um problema absolutamente nulo. Você é sul-africano. Você nem precisa de um passaporte para morar no seu país.
Mas então você está tentando sair com um passaporte sul-africano que expirará em breve ... com o qual a companhia aérea pode ter problemas, pois está trabalhando com a suposição de que você é um sul-africano normal com um passaporte que expirará em breve e o As autoridades australianas de imigração não o deixarão entrar. Seu passaporte é válido para mostrar quem você é; é essa a prova de que você tem permissão na Austrália.
Mas ... você não precisa de um visto australiano. Você já tem um 'visto' na forma de seu passaporte australiano. A imigração australiana não será um problema para você entrar no país e a companhia aérea não receberá uma multa.
Sugiro ligar para a companhia aérea com antecedência para falar sobre sua situação. Tenho 99% de certeza de que tudo ficará bem, mas isso facilitará as coisas para você se souberem com antecedência e uma das pessoas mais qualificadas colocar uma nota no seu arquivo; se você tiver azar com alguém sem esperança que trabalha no aeroporto no dia, eles podem causar problemas em qualquer número de situações válidas, mas não ortodoxas.
Edite a versão fácil.
Eu diria que confie principalmente no seu passaporte australiano. Os australianos não precisam de visto para o SA de qualquer maneira. Você só precisa trazer seu passaporte do SA no balcão de imigração do SA.