A abordagem "melhor para (quase) todos") é NÃO fazer o check-in do voo que você não pretende pegar. Isso permite que a companhia aérea saiba que você não pretende voar e permite que ela re-aloque seu assento (se necessário) mais cedo - por exemplo, limpando alguém na lista de espera. Isso também significa que eles não perderão tempo esperando que você apareça no portão, paginando você, etc. Se você fez o check-in, eles ainda poderão realocar seu assento, mas normalmente terão que esperar até mais perto do horário de partida para fazer isso, quando as coisas já estão geralmente bastante agitadas!
No entanto, há uma situação potencial em que o check-in pode funcionar para sua vantagem. Se o voo em que você deveria estar estiver excessivamente atrasado ou se for cancelado e esse atraso / cancelamento ocorrer muito próximo ao horário do voo, você poderá ter uma chance maior de obter uma compensação e / ou seu dinheiro de volta pelo voo. voo se você fez o check-in.
Em alguns casos, mesmo que haja um atraso / cancelamento, você não poderá fazer nada simplesmente porque não está no aeroporto; no entanto, muitas companhias aéreas agora permitem que você solicite compensações / reembolsos por telefone e, às vezes, até mais tarde. Dependendo da situação exata, você poderá fazer isso mesmo que não tenha feito o check-in, mas, dependendo da situação exata em que o check-in for, você terá um pouco mais de vantagem.
Há uma segunda situação em que o check-in pode ser benéfico, mas é um caso de esquina. Se você estiver no aeroporto de qualquer maneira (por exemplo, você estiver se conectando e o vôo descartável for a conexão), E se o vôo que você não planeja voar for sobrevendido, poderá ser voluntário para ser "recusa de embarque" - ou seja, desista do seu lugar naquele voo e seja transferido para um voo posterior e, ao fazê-lo, receba alguma forma de compensação. O problema é que você precisará esperar no portão até a hora da partida antes que eles saibam que precisam do seu assento, assim você precisará investir algum tempo, além disso, se acontecer que eles não precisam do seu assento, é vai ser bem estranho você se virar e dizer que não queria voar de qualquer maneira e não embarcar no avião ...
As chances de uma dessas ocorrências e de você poder se beneficiar delas são baixas - mas não são nulas. Você precisará equilibrar isso com a inconveniência adicional que fará com que a equipe da companhia aérea e potencialmente outros passageiros no voo façam o check-in.
Quanto ao seu comentário sobre a companhia aérea não ser paga até o check-in, isso não é absolutamente verdade. A companhia aérea recebe seu dinheiro, independentemente de você fazer o check-in ou não - na verdade, na maioria das vezes (mesmo quando a reserva é feita por uma agência de viagens), é a própria companhia aérea que realmente cobra seu cartão de crédito, para que eles tenham o dinheiro a partir do momento da viagem é multado.