Você deve decidir se deseja entrar na Alemanha usando seu passaporte canadense ou americano. Com base no que você nos disse, não há razão para preferir um ao outro, pois os cidadãos dos EUA e do Canadá têm os mesmos privilégios de entrada sem visto no espaço Schengen.
Na ausência de qualquer outro motivo para preferir um passaporte a outro, basta escolher o que facilitar sua vida. Por exemplo, se você pode usar um passaporte para toda a viagem, faça isso, para não precisar se preocupar em trocar de passaporte enquanto estiver viajando.
Isso vai depender muito de onde você estiver viajando a partir de chegar à Alemanha, e onde você estiver viajando para depois de sair. Se sua viagem for de ida e volta dos EUA, use seu passaporte americano. Se for uma viagem de ida e volta do Canadá, use seu passaporte canadense. Se for uma viagem de ida e volta de qualquer outro país, use o passaporte que você usou para entrar nesse país.
Se você planeja usar apenas um passaporte, deve levar o outro? Isso é uma questão de debate. É útil ter um sobressalente, conforme observado no comentário de pnuts , mas, mais importante, você pode se encontrar em uma posição em que precisa do outro passaporte e não o possui.
Por exemplo, se você estiver viajando com o seu passaporte canadense em caso de emergência, exigindo que você viaje inesperadamente para os Estados Unidos, estaria em uma situação difícil se o seu passaporte americano ainda estivesse no Canadá. Por outro lado, se você não tiver o seu segundo passaporte, provavelmente terá menos chances de perdê-lo.
Como prefiro a flexibilidade, geralmente trago meus dois passaportes sempre que viajo para o exterior, mas outros discordam .