Com as distâncias envolvidas (curtas) e o tempo gasto em viagens de hotel em hotel, eu escolheria um local central e 'comutar' a partir daí. Roterdã, Haia e Amsterdã ficam a uma hora uma da outra, com Haia logo ao sul do ponto médio.
Eu passava uma ou duas noites em Eindhoven (se você quiser isso) e via a cidade, além de andar de bicicleta no campo ou fazer uma viagem de ônibus na área local, de ônibus local é provavelmente a melhor opção.
Em seguida, viaje para Haia (use um site de reservas para obter um hotel lá) e fique o resto da viagem. Pegue um trem para Roterdã por um ou dois dias ou use a linha de metrô por pelo menos uma de suas viagens, pegue um trem para Amsterdã, por um ou dois dias, duas rotas para continuar olhando pela janela interessante.
Você pode ficar em qualquer uma das três cidades, a Haia tem vantagem porque fica principalmente no meio, mas também tem uma 'área de praia' que terá opções mais baratas durante a temporada de verão e hotéis de negócios que serão mais baratos quando há poucas viagens de negócios.
O planejador de viagens da NS (ferrovias holandesas) é seu melhor amigo para o planejamento de trens.
E o OV9292 possui um planejador para todos os transportes públicos na Holanda, para quando você deseja mais do que apenas o trem.