Existem várias empresas que emitem cartões Suica, e uma Suica só pode ser devolvida para a empresa que a emitiu. No seu caso, você comprou um Suica da JR East em Narita, e você provavelmente tentou devolvê-lo para o monotrilho de Tóquio em Haneda; essas são empresas diferentes e, portanto, isso não é possível. O mesmo teria acontecido na situação inversa: uma Suica comprada do Monotrilho de Tóquio não pode ser devolvida para a JR East.
Por essa razão, sempre recomendo que os visitantes comprem um cartão Pasmo em vez de um Suica: ele é funcionalmente idêntico no que diz respeito a visitantes de curto prazo, exceto que ele não exibe esse problema (um Pasmo comprado de qualquer empresa participante pode ser voltou para qualquer outro). Em Narita (Haneda), um Pasmo pode ser comprado e / ou devolvido a Keisei (resp. Keikyu), mesmo que você não use os trens.
A propósito, se você se encontrar em Haneda com um Suica emitido por JR East que você realmente precisa retornar, você deve ir a uma estação JR East. O mais próximo é Kamata (pegue um trem Keikyu para Keikyu-Kamata, e depois caminhe um pouco até Kamata), mas se você tiver um JR Pass válido, pode preferir tomar o Monotrilho de Tóquio para Hamamatsucho, já que o monotrilho é gratuito. Passe JR.