Embora minha resposta não se aplique totalmente ao caso particular do solicitante, uma vez que as noites ausentes não estão no início da estadia, no caso mais geral para outras pessoas que têm uma pergunta semelhante, vale a pena notar que, se alguém não quiser estar presente para check-in no início da reserva, uma definitivamente devem contactar o hotel para que eles não assumem que é um caso de no-show e dar a sala reservada para outra pessoa.
Agora, você quase certamente pode esperar manter um quarto disponível para sua chegada pelo qual o hotel foi pago ou onde eles podem garantir o pagamento. Nenhum hotel que conheço manterá uma reserva após o horário do check-in sem receber dinheiro ou manter um número de cartão de crédito por segurança. Se você aparecer pela primeira vez no segundo dia e todos os quartos se forem, azar. Mesmo um cartão de crédito quase certamente não pode manter o quarto disponível para a segunda noite sem alguma forma de check-in.
Se você pagou antecipadamente, não comparência é aceitável e, desde que você os tenha notificado, provavelmente poderá ficar com a sala. Não faça isso muito cedo, pois isso os sobrecarrega por um período prolongado. Ligue no dia do check-in esperado.
Se o seu pagamento não for antecipado e você espera pagar no final da sua estadia, há algumas considerações adicionais. Primeiro, você provavelmente deverá fornecer um cartão de crédito para segurança, geralmente no momento da reserva e, certamente, o mais tardar no momento do check-in. Segundo, se você não fizer o check-in no dia esperado na hora prevista, tudo o que eu disse acima sobre o check-in entra em jogo e você não deve mais esperar que uma sala seja reservada para você, além de poder ser cobrada uma noite, mesmo que você nunca tenha aparecido.
Finalmente, se você planeja ficar longe da sala por um período prolongado (mais de um dia ou dois, embora teoricamente possa estar arriscando problemas mesmo assim), informe o hotel. Mesmo com uma placa Não perturbe colocada à sua porta, eles podem verificar os quartos periodicamente, e se um quarto estiver completamente vazio sem pertences, eles podem razoavelmente supor que você saiu sem aviso prévio e verificá-lo, para que, ao retornar, encontre você não tem espaço. Até os pertences podem ser coletados e a sala retomada se continuar por muito tempo.
Nada disso deve ser surpreendente. Os hotéis ganham dinheiro sendo pagos pelos quartos. Qualquer coisa que possa comprometer sua capacidade de ser pago por qualquer quarto é algo que eles tomarão para impedir. Falha no check-in, abandono de um quarto onde eles podem não ser capazes de cobrar o valor total da estadia em um cartão de crédito retido, medo de que um quarto seja danificado para que exija reparo ou não possa ser ocupado por um período, e assim por diante.
Minha resposta não é específica para o Japão, portanto, eu estaria interessado em quaisquer comentários ou melhorias que possam ser feitos a essa resposta, mas acho extremamente provável que, não importa onde você esteja, não aparecer no horário esperado para o check-in possa coloque seu quarto reservado em risco.