Não posso falar em todas as mesquitas do país, mas certamente pela minha experiência em visitar algumas mesquitas em KL e Malaca é um caso de "Mais ou menos".
Todas as mesquitas tinham áreas de visitantes onde ninguém tinha nenhum problema comigo, um cara branco de jeans e camiseta lisa dando uma olhada ao redor.
As placas diziam que não havia shorts nem camisas com fotos de caveiras (ou outras coisas selvagens) nelas, mas não encontrei nenhum problema, elas estão acostumadas a turistas.
No entanto ... isso foi apenas para ver uma área de visitantes. Entrar na parte principal da mesquita onde o culto acontece; os dois grandes na KL tinham sinais explicitamente dizendo que isso não era permitido para não-muçulmanos.
Se bem me lembro, a mesquita nacional havia marcado horário em que não-muçulmanos podiam fazer excursões, mas geralmente não era permitido.