Em suma, não . A propriedade do arquivo e as permissões de acesso são um tipo de controle de acesso. Criptografia e controle de acesso são conceitos ortogonais (aqui significando "independentes"). Ambos são métodos para implementar / aplicar autorização .
significa que apenas os agentes que possuem a chave de descriptografia podem obter acesso ao "texto sem formatação" descriptografado de um arquivo ou objeto de dados. Esse acesso pode ser (temporariamente) estendido a outros agentes, por exemplo, usuários do mesmo sistema que mantém a chave de descriptografia na memória.
significa que uma autoridade, por exemplo, um sistema operacional em execução em um computador, decide quem obtém qual tipo de acesso a qual recurso (que pode ser um arquivo, objeto de dados ou outra coisa).
Por que eles são independentes?
Um sistema operacional pode saber como descriptografar um objeto de dados criptografados para obter acesso ao texto sem formatação, mas isso não significa que ele estenda esse acesso a todos os seus usuários. Geralmente, ele usa bancos de dados de controle de acesso para decidir a quem estender o acesso (se houver).
Por outro lado, um usuário pode ter acesso a um conjunto de dados criptografado, mas, sem uma chave de descriptografia válida, não pode entendê-lo, ou seja, não pode acessar seu texto sem formatação. (Atualmente, isso não é possível com nenhum dos sistemas de arquivos e ferramentas de sistema de arquivos fornecidos com o Ubuntu, mas esses recursos estão em desenvolvimento para o Ubuntu pronto para uso na forma de novos recursos ext4 e já estão disponíveis em outros sistemas de arquivos, por exemplo ZFS e NTFS, embora não necessariamente no Linux.)