O Phoronix executou um conjunto de testes e alguns artigos sobre o desempenho do eCryptfs ao criptografar diretórios pessoais:
O que eu retiro desses artigos é que a criptografia (conforme o esperado), de acordo com os benchmarks, afeta o desempenho de leitura e gravação até certo ponto. Em pequenas CPUs (processadores Atom) e em discos rígidos rápidos (SSDs), isso talvez seja mais perceptível. Dito isto, usando o eCryptfs, você estará pagando apenas essa penalidade de desempenho ao ler / gravar dados em seu diretório pessoal (e não no resto do sistema, como faria com a criptografia de disco completo). Além disso, com processadores mais rápidos, a quantidade de tempo gasto com essa criptografia / descriptografia geralmente se encaixa na espera de E / S acessando os dados do disco, que geralmente é o gargalo.
Quanto ao seu problema específico, se você está ouvindo muito ruído de "busca no disco rígido", parece-me que seu sistema está trocando dados da memória para o disco e para frente e para trás. Se você optou por usar o eCryptfs, o Ubuntu criptografará automaticamente seu espaço de troca (necessário para proteger seus dados criptografados). No entanto, a troca criptografada também é muito cara.
Pessoalmente, sobrecarrego meus sistemas com muita RAM (8 GB na maioria dos meus sistemas) e desativo totalmente a troca.