Honestamente, não sei onde está a configuração do Firefox / Aplicativo Preferencial. No entanto, o x-www-browser é gerenciado pelo sistema "alternativas" no dpkg. Você pode alterá-lo interativamente, digitando isso em um prompt de comando:
sudo update-alternatives --config x-www-browser
Portanto, não é uma resposta completa, mas pode deixar você esclarecer as coisas e seguir em frente :)
Atualizar
Esta página descreve onde o Gnome mantém suas configurações de aplicativos preferenciais. A página refere-se ao Linux Mint, mas os mesmos princípios devem ser aplicados: http://www.libre-software.net/change-the-default-application-linux-mint-ubuntu
Então, sim, eles são diferentes.