A Ubiquity oferece uma escolha sobre o que você deseja fazer com suas partições. Se você usar o particionamento manual, poderá reutilizar o layout da partição existente. Isto é o que eu faço. Posso reutilizar meu / home existente como partição / home para a nova instalação. E eu posso optar por formatar essa partição ou não.
Eu reutilizei os layouts de partição existentes nas novas instalações do Ubuntu várias vezes com os sistemas de arquivos Ext4 e btrfs. Funciona exatamente como o esperado. Sem surpresas e sem problemas (desde que você esteja familiarizado com o particionamento, o que parece ser). Basta usar o particionamento manual quando chegar a essa etapa no Ubiquity.
O que a onipresença faz se eu pedir para substituir a instalação anterior do Ubuntu por uma nova?
Por outro lado, se você espera que ele reutilize automaticamente suas partições com todas as opções de instalação padrão, isso não será feito. Ele instalará tudo em / (root).