Recentemente, o nautilus, o gerenciador de arquivos padrão, recebeu um diálogo de renomeação em lote. Ainda não é poderoso o suficiente para fazer o que você deseja. Mas, felizmente, existe o thunar, um gerenciador de arquivos alternativo que pode ser instalado. Com o diálogo renomear thunars, você pode fazer o que quiser usando a GUI.
Primeiro instale o thunar:
sudo apt install thunar
Inicie o thunar, navegue até o diretório que possui seus arquivos. Em seguida, selecione todos eles. Pressione F2.
Na caixa de diálogo exibida, novamente, selecione todos os arquivos. Mude o modo para "Pesquisar e substituir" e "Nome e sufixo". Marque "Expressão regular". Agora use o seguinte como pesquisar e substituir padrões:
file\.(.+)\.pdb
e
file.pdb.$1
Por fim, clique no botão Renomear.
A vantagem dessa maneira é que você obtém uma visualização visual do que acontecerá antes de realmente renomear.